Nový subtyp SARS-CoV-2 RE.2.2: Vědci odhalili unikátní strukturu a nečekanou glykosylaci, které mění jeho chování

Vědci z Institutu mikrobiologie Čínské akademie věd (IMCAS) detailně prozkoumali strukturní a funkční vlastnosti nového subtypu SARS-CoV-2 BA.3.2.2, známého také jako RE.2.2.

Vědci z Institutu mikrobiologie Čínské akademie věd (IMCAS) detailně prozkoumali strukturní a funkční vlastnosti nového subtypu SARS-CoV-2 BA.3.2.2, známého také jako RE.2.2. Tento subtyp, odvozený od varianty Omicron BA.3, se po období nízké detekce v evropských monitorovacích systémech začal rychle šířit v několika regionech světa.

Výzkumný tým profesora Gao George Fu zjistil, že RE.2.2 vykazuje zvýšenou vazbu na lidský receptor ACE2, odlišný profil úniku před protilátkami a dříve nepozorované N-vázané glykosylační místo na zbytku N529 spike (S) proteinu. Pomocí metod, jako je povrchová plazmonová rezonance (SPR) a kryo-elektronová mikroskopie (kryo-EM), vědci určili, že receptor-vazebná doména (RBD) RE.2.2 má vysokou afinitu k lidskému enzymu konvertujícímu angiotensin 2 (hACE2).

Strukturní analýzy odhalily, že reverzní mutace R493Q vytváří dodatečnou vodíkovou vazbu se zbytkem K31 hACE2, což je primární determinant zvýšeného navázání na receptor. Zajímavé je, že zatímco RE.2.2 dokáže unikat mnoha třídám protilátek, některé široce neutralizující protilátky, které ztratily aktivitu proti dřívějším liniím Omicronu (například S2K146 a L4.65), znovu získaly silnou neutralizační kapacitu proti RE.2.2. Kryo-EM ternární struktury ukázaly, že klíčová substituce G446D přímo usnadňuje interakce s protilátkami, což ilustruje, že antigenní evoluce viru je omezena strukturními požadavky a nemůže probíhat bez limitů.

Dále komplexní glykoproteomické profilování pomocí kapalinové chromatografie-tandemové hmotnostní spektrometrie (LC-MS/MS) a kryo-EM odhalilo až 26 N-vázaných glykosylačních míst na S trimeru. Mezi nimi RE.2.2 obsahuje nové N-vázané glykosylační místo v pozici N529 na RBD, což je změna, která dosud nebyla pozorována u variant SARS-CoV-2. Tato modifikace vytváří meziprotomerové vodíkové vazby, které strukturně stabilizují spike protein v uzavřené konformaci, čímž vyvažují vysokou afinitu k receptoru s regulovaným vstupem viru do buňky. Tyto poznatky také podporují „pravidlo O-následuje-N“ pro glykosylaci proteinů, zdůrazňující koordinovanou organizaci glykanů v koronavirových spike proteinech. Tento výzkum zásadně přispívá k hlubšímu pochopení evoluce a adaptačních mechanismů viru SARS-CoV-2.